托里縣自古以來就是中國領(lǐng)土的一部分,西漢神爵二年(公元前60年)漢朝在烏壘城(今新疆輪臺縣)境設(shè)西域都護府。東漢時期,漢將竇先大破匈奴,鮮卑據(jù)其地游牧。魏晉南北朝時期,先后有柔然人和突厥人活動。
唐貞觀二十三年(649),唐置瑤池都督府,隸于安西都護府,托里受其管轄。西遼延慶元年(1124),耶律大石在葉密立稱帝,建元延慶,托里區(qū)域?qū)傥鬟|統(tǒng)轄。蒙古太祖二十一年(1227),托里屬成吉思汗三子窩闊臺的封地。明萬歷三十五年(1607),托里屬土爾扈特部游牧地。崇禎元年(1628),托里縣境內(nèi)土爾扈特部牧民向額爾齊斯以西遷徙,至伏爾加河區(qū)域游牧。托里成為準噶爾部游牧區(qū)。崇禎八年(1635),巴圖爾琿臺吉繼承為準噶爾汗,托里屬準噶爾汗國領(lǐng)地。康熙二十九年(1690),托里為策妄阿拉布坦的控制區(qū)。乾隆二十七年(1762),清朝授明瑞為總統(tǒng)伊犁等處將軍,托里受其統(tǒng)轄。光緒十一年(1885),塔城參贊大臣錫綸奉敕在托里境老風(fēng)口平安驛修建風(fēng)神廟。光緒帝御筆親賜“福佑巖疆”匾額。托里當(dāng)時是迪化(烏魯木齊)通往塔城的一個驛站,設(shè)千戶長2人、百戶長3人、副百戶長6人。民國7年(1918)8月,由塔城縣析置額敏縣,今托里縣域?qū)兕~敏縣管轄。民國31年(1942),設(shè)置托里設(shè)治局,仍屬額敏縣管轄。民國34年(1945)8月,托里縣境由額敏縣管轄。民國38年(1949)4月30日,塔城專署將額敏縣的八區(qū)、九區(qū)、十區(qū)析出,建置克烈半縣,隸屬政府塔城專署。縣政府設(shè)在磨房(今托里鎮(zhèn))。1949年10月1日,中華人民共和國成立。12月16日,新疆省人民政府成立。托里縣境歸其管轄。1950年7月,克烈半縣改稱克烈中心區(qū),隸于塔城專區(qū)。
1952年10月,撤銷克烈中心區(qū),成立托里縣。同月,成立中國共產(chǎn)黨托里縣委員會、托里縣人民政府。